Politeknik Pertanian Negeri Kupang sampai dengan saat ini telah menyelenggarakan program Diploma III dan Diploma IV yang meliputi:

Program Diploma III

  • Program Studi Produksi Ternak dan Kesehatan Hewan pada Jurusan Peternakan.
  • Program Studi Tanaman Pangan dan Hortikultura, dan Teknologi Pangan pada Jurusan Tanaman Pangan Dan Hortikultura.
  • Program Studi Manajemen Pertanian Lahan Kering dan Manajemen Agribisnis pada Jurusan Manajemen Pertanian Lahan Kering.
  • Program Studi Manajemen Sumber Daya Hutan pada Jurusan Kehutanan.
  • Program Studi Teknologi Budidaya Perikanan pada Jurusan Perikanan dan Kelautan.

Program Diploma IV

  • Program Studi Teknologi Industri Hortikultura pada Jurusan Tanaman Pangan dan Hortikultura.
  • Program Studi Teknologi Pakan Ternak pada Jurusan Peternakan.
  • Program Studi Penyuluhan Pertanian Lahan Kering pada Jurusan Manajemen Pertanian Lahan Kering.
  • Program Studi Pengolahan Hutan pada Jurusan Kehutanan.